Konservierung von Gewebeproben zur Genexpressionsanalyse

Oncoscreen führt in Ihrem Auftrag Mutationstests und die Quantifizierung der Genexpression von Gewebeproben durch. Dabei werden sorgfältig entwickelte und optimierte Verfahren angewendet, die ein Maximum an Präzision gewährleisten. Oncoscreen etablierte für jedes gängige Konservierungsverfahren eine optimierte Methode zur RNA-Präparation. Dennoch bleibt die Aussagekraft einer Genexpressionsquantifizierung immer auch von der sachgerechten Durchführung der Gewebekonservierung abhängig. Im Folgenden wird unseren Kunden ein Leitfaden zur Gewebekonservierung gegeben, der auf die Erfordernisse der Genexpressionsuntersuchung zugeschnitten ist.

Allgemeines Konservierung von Gewebeproben in RNAlater Paraffinkonservierte Gewebeproben Tiefgefrorene Gewebeproben Blut Konservierung von Leukozyten in RNAlater

Allgemeines

Wir empfehlen die Konservierung von Gewebe in RNAlater, da diese Methode besonders gut auf die Erfordernisse der Genexpressionsuntersuchung abgestimmt ist, untersuchen aber selbstverständlich auch die Genexpression im tiefgefrorenen oder paraffinkonservierten Gewebe.

Sobald ein Gewebe seiner ursprünglichen Umgebung entnommen wird, besteht potentiell die Gefahr von raschen Veränderungen der mRNA-Niveaus einzelner Gene. Dies betrifft z. B. Gene, die an Vorgängen wie Wundheilung, Entzündungsreaktionen etc. beteiligt sind. Daher müssen folgende Regeln beachtet werden:

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Konservierung von Gewebeproben in RNAlater

RNAlater ist eine viskose Flüssigkeit, die von der Firma Ambion zur Konservierung von Frischgewebe entwickelt wurde. Die Konservierungswirkung beruht vor allem darauf, dass alle Enzyme im Gewebe inaktiviert werden. Wichtig ist dabei, dass die Flüssigkeit schnell in alle Zellen des Gewebes hinein diffundiert. Die Größe der Gewebestücke muss daher auf eine Kantenlänge von maximal einem halben Zentimeter beschränkt werden (Stücke von 2 mm Kantenlänge reichen für eine Quantifizierung mehrerer mRNA-Spezies).

Vorgehensweise bei RNA later Kinservierung:

Kunden, die RNAlater konservierte Proben zur Untersuchung an Oncoscreen schicken möchten, erhalten von uns auf Anfrage die benötigte Menge RNAlater.

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Paraffinkonservierte Gewebeproben

Oncoscreen hat eine effiziente Methode zur Quantifizierung von RNA aus paraffinkonserviertem Gewebe entwickelt, die bereits erfolgreich für mehrere retrospektive Untersuchungen eingesetzt wurde. Oncoscreen empfiehlt diese Technik vor allem dann, wenn interessante wissenschaftliche Fragestellungen aus umfangreichen und gut dokumentierten Paraffinarchiven beantwortet werden sollen. Selbstverständlich können auch Untersuchungen an mikrodissektierten Paraffinschnitten durchgeführt werden.

Auch für die Paraffinkonservierung gilt: je schneller das Gewebe konserviert wurde und je effizienter das Formalin in das Gewebe eindringen konnte, desto zuverlässiger ist der Messwert.

Bei prospektiven Untersuchungen hingegen rät Oncoscreen zu einer Konservierung in RNAlater, weil dies die schnellste, schonendste und auch kostengünstigste Konservierungsmethode ist, die eine präzise Messung ermöglicht.

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Tiefgefrorene Gewebeproben

Das Tiefgefrieren (-80 °C) ist eine besonders schonende und effiziente Konservierungsmethode, aber mit einem hohen logistischen Aufwand verbunden (Tiefkühlschrank, Trockeneis für denTransport, Styroporbehälter etc.). Daher empfehlen wir die Konservierung in RNAlater [siehe].

Oncoscreen isoliert und bearbeitet RNA aus tiefgefrorenen Tumormaterial für Sie routinemäßig. Bitte beachten Sie dabei, dass Proben, die einmal eingefroren sind, nicht wieder auftauen dürfen. Denn viele Zellen werden durch das Einfrieren stark geschädigt oder zerstört, so dass beim Auftauen lytische Enzyme frei werden, die RNA zerstören und damit den Messwert massiv verfälschen. Zum Verschicken empfehlen wir dicke, mit Trockeneis befüllte Styroporbehälter. Bitte verschicken Sie die Proben mit genügend Abstand zu Wochenenden und Feiertagen und stellen Sie sicher, dass die Proben binnen 24 Stunden bei uns eintreffen. Oncoscreen berät Sie gern bei der Abwicklung der Lieferung.

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Blut

Für Genexpressions- und Mutationsuntersuchungen wird antikoaguliertes Blut (z.B. in EDTA-Monovetten) benötigt. Das weitere Vorgehen hängt vom durchzuführenden Test ab:

Oncoscreen berät Sie gern über die entsprechenden Möglichkeiten.

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Konservierung von Leukozyten in RNAlater

RNAlater ist eine viskose Flüssigkeit, die von der Firma Ambion zur Konservierung von Frischgewebe entwickelt wurde. Die Konservierungswirkung beruht vor allem darauf, dass alle Enzyme im Gewebe inaktiviert werden. Das Protein des Blutserums und der Erythrozyten bildet jedoch ein unlösliches Präzipitat mit RNAlater, weshalb Serum und Erythrozyten vor einer Konservierung entfernt werden müssen. Oncoscreen entwickelte zu diesem Zweck ein relativ einfaches Verfahren zur Vorbereitung der Leukozyten, das jedoch das Vorhandensein einer Zentrifuge voraussetzt. Ein detailliertes Protokoll über die Vorbereitung der Leukozyten übergeben wir unseren Kunden gern auf Anfrage.

Hier die prinzipielle Vorgehensweise:

Kunden, die RNAlater konservierte Leukozyten zur Untersuchung an Oncoscreen schicken möchten, erhalten von uns auf Anfrage die benötigte Menge Lysepuffer und RNAlater.

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